Los principales controles que realiza la Denominación son los siguientes:
inspecciones: se realizan inspecciones periódicas tanto a ganaderías como a rutas de recogida, queserías y puntos de venta que permiten comprobar in situ que se cumplen todos los requisitos exigidos en el Reglamento.
analíticas: el queso, una vez maduro, es recogido en las queserías y es sometido a tres tipos de análisis. Por un lado, se comprueba que su composición corresponde con la de un Idiazabal; en segundo lugar, se analiza desde el punto de vista higiénico-sanitario, para asegurar que no puede causar ningún riesgo para la salud; y finalmente se somete a un riguroso análisis sensorial realizado por el Comité de Cata Oficial de la Denominación de Origen.
control administrativo: a través de un complejo método de recogida de datos a lo largo de toda la cadena de producción del queso Idiazabal, se controla informáticamente que no se realiza ningún tipo de fraude en cuanto al origen y tipo de leche y queso. Por otro lado, se lleva un rigurosísimo control sobre todos y cada uno de los quesos producidos. Es un control realizado a través de la numeración unitaria de su corteza que permite saber en cualquier momento quién elaboró el queso, qué día, con qué leche, etc.