Todo el proceso de producción es controlado según un Programa de Control establecido por la entidad de Control y Certificación Instituto de Calidad Agroalimentaria de Navarra.
Por parte del agricultor, es obligatorio cumplimentar un Cuaderno de Explotación. En dicho Cuaderno se anotarán las parcelas implicadas, los datos de cultivo, las operaciones culturales llevadas a cabo, las observaciones previas que justifican determinadas actuaciones, las materias primas utilizadas, así como cualquier otra acción significativa sobre el cultivo que sea interesante reseñar. Todo ello de acuerdo con las Normas Técnicas específicas para cada cultivo.
En Navarra la regulación de la Producción Integrada comienza su andadura con el Decreto Foral 143/1997, por el que se regula la producción integrada y diferenciación de sus productos. En él se establecen las bases, que luego serán desarrolladas a través de otras disposiciones normativas de: