Esta Asociación surgió por la preocupación de las empresas embotelladoras de pacharán ante la existencia y proliferación en el mercado de productoras de granel sin garantías sanitarias. Para hacer frente a este intrusismo decidieron unirse y crear la "Asociación Navarra de Fabricantes y Embotelladores de Pacharán Natural", como forma de combatir dichos graneles y garantizar la calidad del producto, pues para pertenecer a esta Asociación deben cumplirse una serie de requisitos que exigen una serie de garantías.
El Departamento de Agricultura, Ganadería y Montes del Gobierno de Navarra concedió la "Denominación Navarra de Calidad" a este producto, mediante la Orden Foral de 22 de junio de 1987.